Vier Jahre lang leitete er unter anderem das Orchester am Theatre Royal de la Monnaie in Brüssel, gefolgt von einer zweijährigen Zeit als Chefdirigent beim Königlichen Dramatischen Theater in Stockholm.
Von 1986 bis 1991 dirigierte er an der Wiener Staatsoper, auch trat er öfters mit den Wiener Symphonikern auf. Im Jahr 1996 wechselte Boncompagni an das Stadttheater Aachen in Deutschland, wo er bis zum Jahr 2002 als fest angestellter Generalmusikdirektor blieb.
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