Der 20-Jährige verteidigte auf der siebten und letzten Etappe rund um San Juan (141,3 Kilometer) das Trikot des Spitzenreiters. Evenepoel hatte auch das Zeitfahren am Dienstag gewonnen.
In der Endabrechnung hat Evenepoel 33 Sekunden Vorsprung auf den Italiener Filippo Ganna und eine Minute auf den Spanier Oscar Sevilla.
Die Schlussetappe wurde im Massensprint durch den Kolumbianer Fernando Gavieria entschieden.
belga/jp