Das japanische Parlament hatte bereits zuvor für den Pakt votiert, der nun ab 1. Februar 2019 gilt.
Der Freihandelsabkommen mit Japan ist das größte, das die EU bislang geschlossen hat. Der seit 2013 vorbereitete Pakt soll Zölle und andere Handelshemmnisse abbauen, um das Wachstum anzukurbeln und neue Jobs zu schaffen.
Japan ist nach den USA und China die drittgrößte Volkswirtschaft der Welt.
dpa/cd
