Der 39-Jährige war beim Tennisturnier in Wimbledon im Viertelfinale gegen den Polen Hubert Hurkacz ausgeschieden.
"Ich bin sehr enttäuscht, denn es war jedes Mal eine Ehre und ein Höhepunkt meiner Karriere, wenn ich die Schweiz vertreten habe", schrieb er am Dienstag in den sozialen Netzwerken. Er habe bereits mit der Rehabilitation begonnen, "in der Hoffnung, später im Sommer wieder dabei zu sein".
Für Federer wäre es die fünfte Olympia-Teilnahme gewesen. Der 20-malige Grand-Slam-Gewinner gewann 2008 in Peking Gold im Doppel an der Seite von Stan Wawrinka. 2012 in London holte er sich Silber im Einzel. Zweimal war er Fahnenträger des Schweizer Olympia-Teams.
Vor Federer hatte bereits der Spanier Rafael Nadal seinen Verzicht auf die Tokio-Teilnahme erklärt. Der serbische Weltranglisten-Erste Novak Djokovic hatte nach seinem Sieg in Wimbledon noch offen gelassen, ob er bei Olympia antreten wird.
Die Olympischen Spiele in der japanischen Hauptstadt werden am 23. Juli eröffnet und enden am 8. August.
belga/dlf/est