Nach rund 200 Kilometern zwischen Boën-sur-Lignon und Voiron setzte er sich gegen den Iren Sam Bennett und den Franzosen Julian Alanphilippe durch. Philippe Gilbert wurde Neunter.
Der Brite Adam Yates fährt weiter im Gelben Trikot des Gesamtspitzenreiters.
Am Mittwoch hatte Wout van Aert auch das Zeitfahren gewonnen.
Remco Evenepoel hat indessen die zweite Etappe der Baloise Belgium Tour für sich entschieden. Der 19-Jährige siegte auf der Strecke über 180 Kilometer von Knokke-Heist nach Zottegem und übernahm auch die Führung in der Gesamtwertung.
belga/vrt/est