Kwiatkowski fuhr über die 6,6-Kilometer-Distanz in 7:25 Minuten Bestzeit. Der Ex-Weltmeister vom Team Sky verwies den Niederländer Jos van Emden auf den zweiten Platz.
Hinter dem Italiener Gianni Moscon wurde Victor Campenaerts vom Lotto-Soudal-Team Vierter. Sein Mannschaftsgefährte Jens Keukeleire kam beim Zeitfahren auf Rang acht. Mitfavorit Geraint Thomas stürzte in einer Kurve.
Viele Fahrer sehen die Dauphiné-Rundfahrt als Generalprobe für die Tour de France, die am 7. Juli beginnt. Die Traditionsfahrt endet am kommenden Sonntag auf dem Mont Blanc.
dpa/sporza/sp