Der Vorfall habe sich ereignet, als die griechischen Jets die Insel Kreta in Richtung Zypern verlassen hätten.
Die Türkei hatte erklärt, ihr Forschungsschiff werde die umstrittene Erdgas-Suche um fünf Tage verlängern.
An der Mission hat sich ein lang schwelender Streit um Erdgas zwischen Griechenland und der Türkei wieder entzündet.
dpa/cd