Er habe zwischen 53 und 54 Prozent der Stimmen erhalten, sagte sein Sprecher. Der Kandidat der Regierungspartei, Sajith Premadasa, hat seine Niederlage bei der Präsidentenwahl eingeräumt.
Rajapaksa steht für die Rückkehr zu einer autoritären Regierung, die die Interessen der singhalesisch-buddhistischen Mehrheit vertritt.
Die Präsidentenwahl in Sri Lanka hatte unter strengen Sicherheitsvorkehrungen stattgefunden. Vor sieben Monaten waren bei islamistischen Anschlägen auf Kirchen und Hotels mehr als 250 Menschen getötet worden.
dpa/dlf/jp