Er war wegen des russischen Doping-Skandals unter Druck geraten. Das Internationale Olympische Komitee hält den langjährigen Sportminister für einen der Verantwortlichen des Skandals.
Der bisherige Geschäftsführer Alexej Sorokin soll an die Spitze des Organisationskomitees aufrücken. Die WM-Endrunde in Russland findet vom 14. Juni bis 15. Juli 2018 statt.
Am Montag hatte Mutko bereits die Leitung des russischen Fußballverbands für bis zu sechs Monate niedergelegt.
Mutko ist ein langjähriger sportpolitischer Weggefährte Putins. Wie der Kremlchef begann er seine Karriere in St. Petersburg. Den Fußballverband führte er bereits von 2005 bis 2009. Im Jahr 2015 ließ er sich erneut an die Spitze wählen.
dpa/est