Ein einzelner Angreifer hatte den Club Reina in der Sylvesternacht gestürmt, das Feuer eröffnet und 39 Menschen getötet. Mindestens 79 weitere Menschen wurden verletzt.
Mascharipow und anderen Angeklagten droht vielfache lebenslange Haft. Türkischen Medienberichten zufolge gestand er die Tat und gab an, im Auftrag der Terrormiliz Islamischer Staat (IS) gehandelt zu haben.
Von den 57 Angeklagten sitzen 51 in Untersuchungshaft.
dpa/sh