Der 20-Jährige schlug den Schweizer in fünf Sätzen 3:6, 7:6, 4:6, 7:6, 6:2.
Es ist Del Potros erster Grand Slam-Sieg. Federer verpasste in Flushing Meadows damit seinen sechsten Sieg. Der Schweizer hat 40 Spiele in Folge in New York gewonnen.
vrt/dpa/km