Rojas gewann im Sprint vor seinem Landsmann Manuel Cardoso und dem Franzosen Samuel Dumoulin.
Vor der letzten Etappe am Sonntag führt in der Gesamtwertung weiter der dreimalige Tour de France-Sieger Alberto Contador, dem ein Doping-Verfahren vor dem Internationalen Sportgerichtshof CAS bevorsteht.
Contador hat 23 Sekunden Vorsprung auf den Zweiten der Gesamtwertung, den Amerikaner Levy Leipheimer.