Er unterlag in Melbourne seinem Landsmann David Ferrer mit 4:6, 2:6, 3:6.
Nadal war durch eine Oberschenkelverletzung gehandicapt.
Durch die Niederlage musste er seinen Traum vom vierten Grand-Slam-Titel hintereinander begraben.
Ferrer trifft nun im Halbfinale auf den Schotten Andy Murray, der zuvor den ungesetzten Ukrainer Alexander Dolgopolow besiegt hatte.
Das zweite Duell bestreiten Roger Federer und Novak Djokovic.
dpa / ok - Bild: epa