Das Fass zum Überlaufen brachte die 1:5-Pleite am Samstag bei Eintracht Frankfurt.
Bis auf weiteres wird Co-Trainer Hans Flick die Mannschaft betreuen. Er wird schon am Mittwoch in der Champions League gegen Olympiakos Piräus auf der Bayern-Bank sitzen.
Der 48-jährige Kovac hatte den Trainerposten bei den Bayern im Sommer 2018 übernommen und in der vergangenen Saison mit dem Team das Double geholt.
dpa/jp