Ihr Schiff "Dignity 1" sei am Sonntag an der Rettung von 308 Menschen beteiligt gewesen, teilte die Organisation mit. Das Schiff soll in Seegebieten nördlich von Libyen nach Booten in Seenot suchen.
An Bord sind 16 Crewmitglieder und Mediziner. In den kommenden Wochen sollen zwei weitere Schiffe der Hilfsorganisation ins Mittelmeer aufbrechen.
2015 retteten die drei Schiffe von Ärzte ohne Grenzen mehr als 23.000 Menschen in Seenot.
dpa/mh