Dem Minister würden 20 Fälle von Verbrechen gegen die Menschlichkeit und 21 Fälle von Kriegsverbrechen vorgeworfen, teilte das Gericht am Donnerstag mit.
Die Verbrechen seien 2003 und 2004 von regierungstreuen Milizen in Dörfern der sudanesischen Krisenregion Darfur begangen worden. Hussein soll damals als Innenminister wesentlich dazu beigetragen haben.
Der Strafgerichtshof hatte zuvor bereits gegen den sudanesischen Präsidenten Omar al-Baschir und fünf seiner Mitarbeiter Haftbefehle erwirkt. Das hat deren internationale Reisefreiheit stark eingeschränkt. Allerdings sind nicht alle Staaten geneigt, die Haftbefehle umzusetzen.
dpa/sh