Thaci - damals Chef der kosovarischen Befreiungsarmee UCK - sei unter anderem in Organ-Handel, Auftragsmorde und andere Verbrechen verwickelt gewesen.
Die Organe seien vor allem serbischen Gefangenen während des Kosovokrieges entnommen worden, heißt es in dem Bericht weiter. Westliche Länder hätten von den Verbrechen gewusst, diese aber ignoriert.
Die Regierung des Kosovo wies den Bericht des Europarats als verleumderisch zurück und drohte mit juristischen Schritten.
Am Sonntag war der 42-jährige Thaci bei den Parlamentswahlen als Regierungschef bestätigt worden.
belga/afp/reuters/jp - Bild: epa