Der Franzose führte Frontex seit 2015. Als Hintergrund für den Rücktritt gelten Ermittlungen zur illegalen Zurückweisung von Migranten im Mittelmeer.
Führungskräfte der Agentur Frontex sollen absichtlich vertuscht haben, dass griechische Grenzschützer Flüchtlinge zurück aufs offene Mittelmeer brachten.
Solche sogenannten Pushbacks sind nach internationalem Recht illegal.
dpa/est