Nach Angaben der Streitkräfte wurden die beiden Männer bei Explosionen in den Departements Caquetá und Meta getötet. Zwei weitere Soldaten wurden bei den Anschlägen verletzt.
Wer hinter den Angriffen steckt, ist noch unklar. In Kolumbien sind Guerillagruppen, Paramilitärs und kriminelle Banden aktiv.
Insgesamt waren am Sonntag 73.000 Soldaten im Einsatz, um Wähler und Kandidaten zu schützen.
dpa/est