Der 27-Jährige wurde in einem Gefängnis in der südiranischen Stadt Schiras hingerichtet, teilte die Justizbehörde mit. Das Urteil war zuvor auch vom obersten Gerichtshof bestätigt worden.
Die iranische Justiz hatte am Mittwoch die Kritik im eigenen Land und aus dem Ausland an dem Todesurteil zurückgewiesen. Aus Protest gegen das Todesurteil hatte es zuvor eine internationale Solidaritätswelle mit Afkari gegeben.
Der Sportler hatte nach Angaben der iranischen Justiz bei einer Demonstration in der südiranischen Stadt Schiras einen Sicherheitsbeamten getötet. Er habe die Tat gestanden, hieß es. Afkari, seine Familie und Menschenrechtsorganisationen führten dagegen an, das Geständnis sei durch Folter erzwungen worden.
dpa/sh