Das Gericht gab einem Antrag des Generalstaatsanwalts statt. Zuvor hatte der ehemalige brasilianische Justizminister Sergio Moro schwere Vorwürfe gegen Bolsonaro erhoben und war am Freitag von seinem Posten zurückgetreten.
Moro hatte gesagt, er sehe keine Möglichkeit mehr, die Unabhängigkeit der Bundespolizei zu bewahren, nachdem Bolsonaro den Chef der Bundespolizei entlassen hatte. Moro gilt als einer der bekanntesten Korruptionsermittler des Landes.
Nach der Entscheidung des Obersten Gerichts muss die Untersuchung in den kommenden 60 Tagen durchgeführt werden. In einem der ersten Schritte dürfte Sergio Moro aufgerufen werden, um seine Aussage zu machen und mögliche Beweismittel vorzulegen.
dpa/est