Das Kind war nach Angaben der Polizei in eine Schießerei zwischen mutmaßlichen Drogendealern und Polizeibeamten geraten.
Bei der Razzia in der Stadt Rodriguez östlich von Manila starben außerdem zwei mutmaßliche Drogendealer und ein Zivilpolizist.
Die Polizei teilte mit, der Vater der Dreijährigen habe das Feuer auf die Sicherheitskräfte eröffnet und dabei seine Tochter als Schild vor sich gehalten. Die Mutter des Kindes dementierte dies. Ein Senator bezeichnete den Tod des Kindes als "Kollateralschaden".
Im Zuge der Untersuchung der Vorfälle wurden 20 Polizeibeamte von ihrem Dienst suspendiert.
Im sogenannten Krieg gegen Drogen, den Präsident Rodrigo Duterte nach seiner Wahl 2016 ausgerufen hatte, wurden nach offiziellen Zahlen bereits mehr als 6.600 Menschen getötet.
dpa/sh