Laut dem amtlichen Ergebnis lag sie mit rund 40,6 Prozent der Stimmen deutlich vor EU-Kommissar Maros Sefcovic, der von den regierenden Sozialdemokraten nominiert worden war und auf rund 18,7 Prozent kam.
Caputovas Partei "Fortschrittliche Slowakei" ist noch nicht im Parlament in Bratislava vertreten. Vor ihrer Bewerbung um das Präsidentenamt hatte die 45-Jährige bei einer unabhängigen Bürgervereinigung als Anwältin gearbeitet.
An der Abstimmung am Samstag beteiligten sich knapp 49 Prozent der 4,4 Millionen Wahlberechtigten. Die Stichwahl zwischen Caputova und Sefcovic findet am 30. März statt.
dpa/orf/est/mh