Der 70-Jährige war seit 2015 wegen homosexueller Handlungen in Haft, die in Malaysia strafbar sind. Seine Strafe hätte er erst am 8. Juni abgesessen. Mit der Begnadigung kann Anwar in die Politik zurückkehren. Er gilt als möglicher Nachfolger des neuen Premiers Mahathir Mohamad, der bereits 92 Jahre alt ist.
Für die Parlamentswahl in der vergangenen Woche hatten sich die beiden nach einem jahrelangen Zerwürfnis ausgesöhnt, um mit ihrem Parteienbündnis den bisherigen Premierminister Razak aus dem Amt zu drängen.
Zu ihren Absprachen gehört, dass Mahathir in ein bis zwei Jahren zurücktritt und dann Anwar das Amt des Premiers überlässt.
dpa/sh