In dem Telefongespräch habe sich Obama für eine glaubwürdige und transparente Untersuchung ausgesprochen, teilte das Weiße Haus mit.
Außenministerin Clinton erklärte, die USA seien offen für eine Beteiligung internationaler Beobachter. Erdogan verlangte seinerseits eine Aufhebung der israelischen Blockade des Gazastreifens. Die Türkei ist einer der wichtigsten Verbündeten der USA in der Region.
Bei dem Einsatz israelischer Marinesoldaten gegen die Hilfsflotte waren am Montag im Mittelmeer mindestens neun Menschen getötet worden. Inzwischen hat Israel damit begonnen, alle noch etwa 600 inhaftierten Aktivisten freizulassen.
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dpa
