Das sei ein "entscheidender Schritt zur weiteren Einbindung des Landes in die Weltwirtschaft", sagte EU-Handelskommissar Karel De Gucht einer Erklärung vom Mittwoch zufolge.
Mit dem historischen Schritt verpflichtet sich Russland unter anderem, seine Märkte stärker zu öffnen.
Investoren kritisieren immer wieder Korruption, Bürokratie und Rechtsunsicherheit im größten Land der Erde. Hingegen hatten Beitrittsgegner zwischen St. Petersburg und Wladiwostok gewarnt, der heimische Markt werde mit ausländischen Billigprodukten überflutet.
Die WTO-Aufnahme werde die russische Wirtschaft und auch die Konkurrenz stimulieren, schrieb der international angesehene Ex-Finanzminister Alexej Kudrin beim Kurznachrichtendienst Twitter. Russland ist mit Einfuhren aus der EU von 108 Milliarden Euro der drittgrößte Handelspartner der Gemeinschaft. Die EU importierte 2011 Waren - vor allem Öl und Gas - für knapp 200 Milliarden Euro und war damit Russlands größter Handelspartner.
Die EU zeigte sich "besonders besorgt" darüber, dass Russland die Einführung einer Recycling-Gebühr für Autos plant. Dies sei eine Benachteiligung von Importfahrzeugen. Autos gehören neben Arzneimitteln und Autoteilen zu den wichtigsten EU-Exporten nach Russland. Russland muss nach dem WTO-Beitritt die Einfuhrzölle von durchschnittlich 10 auf 7,8 Prozent senken.
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